Năm 1975, tiền thân của bệnh viện huyện Củ Chi lúc bấy giờ là trạm Y tế Phạm Văn Cội. Ngày 30/04/1977, trạm Y tế được phát triển, xây dựng thành bệnh viện Phạm Văn Cội, sau đó lần lượt đổi tên thành bệnh viện An Nhơn Tây năm 1981 và bệnh viện miễn phí An Nhơn Tây năm 1994, trực thuộc Trung tâm Y tế Củ Chi. Ngày 22 tháng 5 năm 2007 theo Quyết định số 79/2007/QĐ-UBND của UBND Thành phố Hồ Chí Minh, bệnh viện chính thức mang tên bệnh viện huyện Củ Chi, tách khỏi Trung tâm y tế huyện Củ Chi.
Bệnh viện huyện Củ Chi là bệnh viện đa khoa hạng III, trực thuộc Sở Y Tế thành phố Hồ Chí Minh. Bệnh viện được đầu tư các máy móc, trang thiết bị hiện đại như: máy CT, X-Quang kỹ thuật số, siêu âm tim, máy nội soi, máy xét nghiệm miễn dịch, sinh hóa… cùng với việc nâng cấp, mở rộng phòng mổ và trang bị máy móc hiện đại cho phòng mổ như hệ thống mổ nội soi ổ bụng, máy C-arm.
Bệnh viện huyện Củ Chi đang từng bước khẳng định được năng lực của một bệnh viện đa khoa tuyến huyện, tạo được niềm tin trong người dân, là điểm đến tin cậy cho họ khi có vấn đề về sức khỏe nhất là ở một huyện ngoại thành là vùng sâu, vùng xa, vùng kháng chiến cũ của cách mạng.
